Caso você use URL relativa (../../pagina.aspx) pode ter problemas com os links, imagens, ou ao incluir um arquivo .css ou .js na Master Page por exemplo.
Para resolver esse problema podemos usar o ResolveUrl.
O ResolveUrl vai criar o caminho entre a raiz do site e o arquivo, resolvendo o problema de caminho relativo ou de diretório virtual, veja o exemplo:
<link href="<%=ResolveUrl("~/css/style.css") %>" rel="stylesheet" type="text/css" />
Exemplo de URL com caminho virtual: www.cbsa.com.br/diretorio_virtual/default.aspx
Resultado no browser:
<link href="/diretorio_virtual/css/style.css" rel="stylesheet" type="text/css" />
Exemplo de URL com subdiretórios: www.site.com.br/diretorio_virtual/categoria/produto/descricao.aspx
Resultado no browser:
<link href="/diretorio_virtual/css/style.css" rel="stylesheet" type="text/css" />